W XV wieku miejscowość Milejczyce była zamieszkana przez bojarów książęcych. Pierwsza znana wzmianka o wsi pochodzi z 1479 roku i dotyczy Sienki z Milejczyc, zamieszkałego w powiecie brzeskim. W 1510 roku Milejczyce znalazły się wśród dóbr królewskich. W 1516 roku król Zygmunt I Stary (panował w latach 1506–1548) nadał miejscowości prawa magdeburskie, co przekształciło ją w królewskie miasto i miało na celu rozwój traktu komunikacyjnego między Mielnikiem a Bielskiem. Monarchowie byli również fundatorami miejscowego kościoła. W 1524 roku proboszczem w Milejczycach był ksiądz Maciej Korwin. Dnia 30 października 1529 roku Zygmunt I ufundował drewniany kościół pod wezwaniem św. Zygmunta, św. Stanisława Biskupa i Męczennika oraz św. Mikołaja. Oryginalny dokument fundacyjny znajduje się dziś w Bibliotece Narodowej Litwy w Wilnie.

W 1556 roku pierwotny kościół został rozebrany przez mieszkańców, a na jego miejscu powstała nowa świątynia. W kolejnych latach funkcje proboszczów pełnili: ks. Jan Kalekut (1560), ks. Sebastian Jelitowski (1568), ks. Sebastian Jaktorowski (1573). W 1657 roku, podczas potopu szwedzkiego, kościół został spalony przez wojska szwedzkie i kozackie. Nową świątynię, wzniesioną na zgliszczach poprzedniej, wybudowano dzięki staraniom proboszcza ks. Pawła Krasnodębskiego (pełniącego posługę w latach 1639–1677), a jej fundatorem był Gothard Wilhelm Butler (ok. 1600–1660), podkomorzy nadworny koronny i major królewskiej straży przybocznej.

Po trzecim rozbiorze Polski w 1795 roku granica rozdzieliła parafię, a część miejscowości została przyłączona do parafii w Siemiatyczach (obejmując Pokaniewo i Zabłocie). Obecny drewniany kościół był remontowany trzykrotnie – w 1782, 1829 i 1856 roku. Po stłumieniu Powstania Styczniowego, 20 lutego 1866 roku kościół został zamknięty, a jego budynki i ziemie przekazano duchowieństwu prawosławnemu. Na mocy rozkazu nr 427 z 11 kwietnia 1866 roku wydanego przez Konstantego von Kaufmana (1818–1882), ówczesnego generał-gubernatora grodzieńskiego i wileńskiego, świątynię przekształcono w cerkiew prawosławną pw. Świętego Ducha.

Kościół w Milejczycach został odzyskany przez katolików dopiero 17 maja 1917 roku, po zakończeniu I wojny światowej. Parafię odnowił 4 lipca 1921 roku arcybiskup Jerzy Matulewicz (1871–1927), ówczesny biskup wileński (1918–1925), a pierwszym administratorem został ks. Stanisław Pietkiewicz (1889–1943), który pełnił tę funkcję w latach 1921–1926.

Na terenie cmentarza przykościelnego znajduje się dwukondygnacyjna, drewniana dzwonnica zbudowana w 1740 roku w konstrukcji słupowo-ramowej. Obok kościoła stoi również drewniana plebania z około 1900 roku. W Pokaniewie znajduje się kaplica drewniana pw. Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny, wzniesiona w latach 1984–1985 dzięki staraniom ówczesnego proboszcza ks. Antoniego Zajączkowskiego (1944–1990). Projekt kaplicy wykonał inż. Stanisław Szymański z Gdańska, a jej poświęcenia dokonał 22 czerwca 1986 roku bp Władysław Jędruszuk (1918–1994), administrator apostolski diecezji pińskiej (1967–1991).

W latach 2024-2025 przeprowadzono gruntowny remont kościoła. Fundusze pochodziły z programu „Polski Ład”.

Źródło:

https://drohiczynska.pl/parafie/milejczyce-parafia-swietego-stanislawa-biskupa-i-meczennika/